Mit 5.612 Belegen gehört die Sammlung von Georg Gasser zu den bedeutendsten mineralogischen Sammlung des Naturmuseums.
Auch die mineralogische Vielfalt des Landes Südtirol und des Alpenraums samt weltweiten Vergleichen, soll sich in den Sammlungen des Naturmuseums widerspiegeln. Es war in erster Linie die berühmte Mineraliensammlung Georg Gassers (1857-1931), die überhaupt den Anlass zur Einrichtung des Naturmuseums gab. Von den zahlreichen Teilsammlungen ist die mineralogische mit 5.612 Belegen die bedeutendste des Gasserschen Konvoluts.
In der Folge erwarb das Naturmuseum eine ganze Reihe für Südtirol bedeutender Mineraliensammlungen aus privatem Besitz. Mit knapp 3.300 Belegen folgt der Nachlass des Bozner Geologen Ludwig Karl Ratschiller. Die bedeutendste Schenkung erfolgte durch Anton Weissteiner, der die 250 besten Mineralstufen seines reichen Sammlerlebens dem Museum vermachte. Seit Bestehen des Museums kamen etwa 25 weitere Sammlungskonvolute hinzu. Bedeutende Ergänzungen erfolgten noch durch Einzelankäufe, Geschenke und Eigenfunde.